Institutionen för nationalekonomi med statistik leds av en styrelse bestående av representanter för forskare/lärare, administrativ personal samt studerande. Institutionens prefekt är ordförande i styrelsen.
Grundutbildningen leds och administreras av en viceprefekt med ansvar för grundutbildningsfrågor, en studierektor, samt personalen på studentexpeditionerna.
Forskarutbildningen leds av en forskarutbildningsgrupp som är underställd styrelsen. Forskarutbildningsgruppen består av institutionens professorer och docenter. Stf prefekt är ordförande i gruppen och ansvarig för forskarutbildningen.
Forskningsverksamheten är uppbyggd kring institutionens professorer och seniora forskare. Flertalet av dessa ingår i en forskningsavdelning medan andra arbetar mer självständigt och/eller medverkar i forskningsprojekt inom flera avdelningar.
Prefekt: Katarina Nordblom
Ställföreträdande prefekt: Fredrik Carlsson
Viceprefekt med ansvar för grundutbildningsfrågor: Åsa Löfgren
Studierektor med ansvar för studentadministrationen: Katarina Renström